É o órgão executivo da União. A Comissão exerce, em vista do bom funcionamento e do interesse geral da União, os poderes próprios que lhe confere o Tratado.
É composta de membros, num total de oito (08), chamados Comissários, nacionais dos Estados membros. Eles são nomeados pela Conferência dos Chefes de Estado e de Governo, um por Estado, para um mandato de quatro anos, renovável.
PRESIDÊNCIA DA COMISSÃO
O Presidente dirige e coordena o funcionamento dos serviços da Comissão;assegura a ligação, no plano das políticas gerais, com os governos e autoridades políticas dos Estados membros da UEMOA, os outros órgãos da União, bem como com as instituições especializadas autónomas e os parceiros externos da União;assegura a representação da Comissão nas relações com países terceiros, organizações e instituições internacionais.
PROJETOS DE INTEGRAÇÃO
Os vários projetos do processo de integração da UEMOA são conduzidos nos Departamentos da Comissão, sob a responsabilidade de um Comissário.
O Comissário dirige e coordena a ação das Direções e Divisões que compõem o Departamento de que é responsável.
Por delegação do Presidente da Comissão, exerce autoridade hierárquica sobre o pessoal do seu Departamento.Em relação ao Presidente da Comissão, o Comissário pode, no seu domínio de competência, manter relações correntes, nomeadamente de caráter técnico, com os parceiros externos da União.
MEMBROS
 M. Abdoulaye DIOP Presidente Senegal |  M. Jonas GBIAN Commissario DATC Benin |  M. Filiga Michel SAWADOGO Commissario DMRC Burkina Faso |  M. Paul koffi KOFFI Commissario DEMEN Côte d'Ivoire |
 M. Mamadù Serifo JAQUITE DDH Guinée-Bissau |
 M. Lassine BOUARE Commissario DSAF Mali |
 M. Mahamadou GADO Commissario DPE Niger |
 M. Kako NUBUKPO Commissario DAREN Togo |
OS DEPARTAMENTOS
- Departamento de Política Económica e Fiscalidade Interna (DPE)
- Departamento do Mercado e da Cooperação Regional (DMRC)
- Departamento do Ordenamento do Território e dos Transportes (DATC)
- Departamento do Desenvolvimento Empresarial, das Minas, da Energia e da Economia Digital (DEMEN)
- Departamento da Agricultura, dos Recursos Hídricos e do Ambiente (DAREN)
- Departamento do Desenvolvimento Humano (DDH)
- Departamento dos Serviços Administrativos e Financeiros (DSAF)
- Presidência
