O Conselho de Ministros estatutário da UEMOA assegura a aplicação das orientações gerais definidas pela Conferência dos Chefes de Estado e de Governo. Adopta o orçamento da União. As deliberações do Conselho são preparadas pelo Comité de Peritos, composto por representantes dos Estados Membros. O Conselho é composto por dois ministros de cada Estado-Membro, um dos quais é responsável pelas Finanças. Reúne-se de três em três meses em sessão ordinária e realiza sessões extraordinárias sempre que necessário.  A Presidência do Conselho é rotativa de dois em dois anos. A Côte d'Ivoire exerce a Presidência do Conselho desde dezembro de 2022.